ХЛАМИДИЈА је бактерија која се налазие у сјеменој и вагиналној течности. Заражена особа често нема симптома, због чега се инфекција хламидијом назива и тихом болешћу. За разлику од других бактерија, није отпорна у спољној средини и живи само у ћелијама, па је тако заражавање могуће само директним сексуалним контактом. Честим променама сексуалног партнера повећава се шанса за инфекцију.

Има их више врста, а Хламдија трахоматис може заразити ћелије слузокоже гениталног и уринарног тракта и жене и мушкарца. Око 70% заражених нема никакве симптоме инфекције, Симптоми су, чак и ако их има, неспецифични – појачан вагинални секрет и осећај печења, жарења при мокрењу, бол при сексуалном односу. Хламидије могу да изазову упалу грлића материце, јајовода и јајника, а ако се не лијече, могу довести до теже инфекције у малој карлици, која се зове Пелвична инфламаторна болест (ПИБ). Ово може резултовати зачепљењем јајовода који неће моћи да пренесу јајну ћелију и спрематозоиде, па жена неће моћи да спонтано затрудни.  Дијагноза се поставља анализом бриса грлића материце жене и мокраћовода мушкарца или из урина специјалним методама.  

 Ако се отеже са употребом одговарајућих антибиотика, инфекција хламидијом може да доведе до озбиљних компликација и да утиче на плодност. Сексуално активним особама млађим од 25 година саветује се да се сваке године тестирају на хламидију. Могуће је купити и опрему за тестирање у апотекама. Потребно је нагласити да је Хламидија и даље најчешћа полна болест, упркос разним тестовима, прегледима и антибиотицима. Истраживачи са Империјалног Колеџа у Лондону раде на добијању вакцине против хламидије.

МИКОПЛАЗМА И УРЕАПЛАЗМА – слично хламидијама и ове бактерије живе само унутар ћелија, најчешће слузокоже вагине или уретре (и мушкарца и жене). Микоплазма хоминис и Уреаплазма специјес могу узроковати урогениталне, а код имунокомпромитованих особа и новорођенчади и генерализоване инфекције. Микоплазма гениталијум доказани је узрочник негонококног уретритиса код мушкараца и најпатогенији је представник микоплазми. Микоплазме могу бити и један од узрочника који доводе до пријевременог порођаја и осталих компликација у трудноћи. Дилеме још постоје јер се у већини истраживања о утицају микоплазме на исход трудноће занемарује бактеријска вагиноза у којој учествује велики број различитих врста бактерија те се не раздваја њихов утицај од независног утицаја микоплазме. Микробиолошка дијагностика темељи се на доказивању микоплазме у клиничким узорцима молекуларним методама и изолацијом на храњивим подлогама. За Микоплазму гениталијум молекуларне су методе главни начин дијагностике. Лијече се одговарајућим антибиотицима.

Најчешће су уреаплазме узрок упале уретре (негонокони уретритис). Рјеђе се јавља запаљење бешике (циститис). Уреаплазма код мушкараца може довести до упале простате (простатитис), оштећења тестиса (орхитис) и њихових додатака (епидидимитис), оштећеног састава сперме (смањена покретљивост и број сперматозоида, што пријети неплодности), као и реактивни артритис и уролитијаза. Са развојем уреаплазмозе, жене могу развити запаљење вагине (вагинитис), запаљење грлића материце (цервицитис), а са слабљењем имунитета и запаљење материце (ендометритис) и њених додатака (аднекситис), што пријети ектопичној трудноћи или неплодности.

ПЦР метода се тренутно сматра најосетљивијом и најтачнијом приликом постављања дијагнозе урогениталне микоплазмозе. Позитиван резултат приликом извођења ове анализе највероватније указује на то да је запаљенски процес узрокован овим патогеном.